詳細ありがとうございます。

こういうコードの使い方は、一般的にはあまりしないと思いますが
私の機械でも試してみました。
私の機械は西部電機製です。

結論から言えば、エラーは出ませんでした。
具体的に書けば
線断コードを指令後、M01で一旦機械がストップし、
その後スタートボタンを押すとスーっとX0.0Y0.0に戻ります。
G40G01X0.0Y0.0でエラーが出ること自体おかしいことなので
もしかしたらファナックの制御盤のパラメーターで変更が出来るかも知れませんので、メーカーに聞いてみてください。

あと気になるのはM50の位置です。
本来G40G01X0.0Y0.0の後に持ってくるのがスジだと思うのですが
なぜなのでしょうか?

例えば単発物の場合、へそ取り位置まで行ってM50などを使用せずに
手動で取ると思います。
理由はいろいろあり、例えば線断コードを使用するということは
時間的にかなりロスが出てしまいます。

確かファナックの自動結線は西部方式に類似しているはずですので
よく分かりますが、アニールをしたり線をカットしに行ったりと
物凄く時間的ロスがあり、本来へそ取り位置では手動でカットするのが
一番最速(線をカットするのに0.5秒もかかりません)になり、単発カス取りの場合、短納期の昨今、線断コードはあまり使用しません。

あと、ヘソ取り位置で全く必要の無いカスの場合、手前で止める必要も無く、そのまま進み中身のコマが斜めに傾き、ワイヤーが後退したり
する場合もあり、その場合、その時点で中身のコマを取り出しますので
M50は使用しなくなる場合が多くあり、その比率はかなりの確立で多いはずです。

それだけではなく、M50指令は結構電気の消費量も多いはずですので、
使用しないだけエコにもつながります。

ですので、本来M50等は(西部はM21)はセカンドカット以上のカスが無い場合に使用することが多いです。