> 出来れば、カットポストの設定項目に、”加工原点に戻さない”を追加して、G40G01X**Y**の出力を任意で行えるようにしてもらえるように検討お願いします。

原点には返っていませんので、”加工原点に戻さない”は"切り出し位置に戻さない"の間違いですよね。
こちらは致命的でないので、様子を見たいと思います。アンケートに投稿願います。

G40G01->G40G00は対応版出来ましたので、Ver7.58b4を、お試し下さい。
ポストの「G40はG00で行う」オプションをチェックすると機能します。

↓ベータ版なので、ここでのみの公開になります。
http://www.nabetech.com/ntcad/lib/NTCAD758b4.lzh

> ちなみに、加工終了後の軸移動をG01で出力する理由はなぜなのでしょうか？

これは、TPROさんも言っている様に、ワイヤガイドを壊さないための対策です。
F3000とかすると、事実上早送り(G00)と変わりませんが、オーバーライドが効くので安全です。
普通はこちらの方を使います。