こんにちは、TPROです。
> ちなみに、加工終了後の軸移動をG01で出力する理由はなぜなのでしょうか？
鍋テック様が書く前に、ちょっと書かせてもらいます。
もしさとぷろさんのM50位置からX0Y0に早送りで進む場合
機械側のM01スイッチを解除されていた場合はどうでしょう?

機械は早送りで切ったカスを残したまま移動し、
ダイスガイドやノズルを破損いたします。
その程度なら良いのですが、ガイドが取り付けてある下のアームが壊れてしまいます。
私の知り合いは現にやってしまったことがあります。

あと、古い機械ではG01の後、G40で戻る時にG00ですとエラーになる
場合があります。
理由は加工途中でいきなり早送りが入るのはナンセンスだからです。
ワイヤ線がつながった加工中に次のブロックは早送りの指令をするようなものです。

もしかしたらファナックでもそのことを想定して、
プログラムが全て終わらない加工中はG00を受け付けないように
しているのかもしれません。

ですので本来G40の前にM50を挿入すること自体が非常に危険な行為だと思います。

それと、鍋CADには設定で「線断用プログラム」というオプションがあり
それに近い使い方が出来ます。

さとぷろさんの使用環境が分からないので何ともいえませんが
G40の前にM50を挿入すること自体が特殊な行為なような気も致し、
上記のことが考えられるのに
逆に「何故、G40の前にM50を挿入するの?」いった感じになります。