> 同じファナックの制御装置(普通に6Mとか18Mでも)でも回転数をSではなく他の記号で制御している機械があるんです。
> 特に木工用など、鉄を削るような機械以外ではその傾向があります。

ファナックの制御装置は、あくまでも汎用であり、スピンドルを持たない機械でも搭載できるようになっています。
専用機と呼ばれる機械においてはGコードであれ拡張がなされており、普通のCNCオペレーターには理解不能なコードで動いている物も多々有ります。
おおよそ、その手のカスタマイズされた機械は専用CAD/CAMで動いているのが普通です。
但し、鍋CADはそういった特異なケースに対応出来る様にはなっていませんし、将来的にも対応する事は無いと思います。
とりあえずsawaさんの問題を実現可能な方法で解決したいと思います。