今回ご相談専用の鍋エディタ用スクリプトです
使い方がわからない、何か変？という場合、また聞いて下さい。

14行目
if Pos('G90G00', s1)<>0 then //ｓ1にG90G00があった場合
は、無くても大丈夫と思いますが、一応入れときます。（この2行分をということで）
14行目有り無しで今回の例データをそのまま試すと違いはわかると思います。

では、

Program NC_Change;
var
i ,n : integer;
s ,s1 : string;
Begin
n := GetLineLength;//全体の行数をnに
i := 0 ; //行数リセット
For i := 1 to n do //1行目から最終行まで繰り返す
Begin
s := GetText(i);//i行目をｓに読み込む
if Pos('G40', s)<>0 then //もし、G40がｓにあった場合
Begin
s1 := GetText(i+1);//i+1行目(次の行)をs1に読み込む
if Pos('G90G00', s1)<>0 then //ｓ1にG90G00があった場合
Begin
Insert('G40', s1, 7);//G40をs1の7列目に挿入
PutText(i+1, s1);//i+1行目にs1を上書き
DeleteLine(i);//i行目を削除
End;
End;
End;
OkMsgBox('完了です ');//スペースがミソ
End.