いらっしゃいませ

>"G90X56.5Y40.5" にG00を追加して
>"G90G00X56.5Y40.5"
>とすれば読み込めました。

LinuxCNCは全く知らないのですが、FANUC等の起動直後の規定値は G00 なので問題ないのですが、
規定値が定まっていないのなら、Header に

G01F100

位で明示的に初期化して下さい。
G00でもかまいませんが、安全のために遅くしています。