工具径：10
回転数：1200
Z待避位置：50
アプローチ位置：3
開始Z：0
ステップ量：5
終了Z：-10

上記条件で「輪郭」加工をやってみました。


%

(MILL-10)
M01
G90X50.0Y-50.0
M03S1200
M08
G00Z3.0
G01Z-5.0F50
X50.0Y-5.0F100
X0.0Y-5.0
G02X-5.0Y0.0I0.0J5.0
G01X-5.0Y100.0
G02X0.0Y105.0I5.0J0.0
G01X100.0Y105.0
G02X105.0Y100.0I0.0J-5.0
G01X105.0Y0.0
G02X100.0Y-5.0I-5.0J0.0
G01X50.0Y-5.0
X50.0Y-50.0
G01Z-10.0F50
X50.0Y-5.0F100
X0.0Y-5.0
G02X-5.0Y0.0I0.0J5.0
G01X-5.0Y100.0
G02X0.0Y105.0I5.0J0.0
G01X100.0Y105.0
G02X105.0Y100.0I0.0J-5.0
G01X105.0Y0.0
G02X100.0Y-5.0I-5.0J0.0
G01X50.0Y-5.0
X50.0Y-50.0
G00Z50.0
M09

M30
%

ご指摘の妙なZ上昇は有りませんが？
もしかすると「開輪郭」加工をお使いではないでしょうか？