いらっしゃいませ。

> 新規に作図して「名前を付けて保存」または「上書き保存」の場合
> 、
> 実際はどの項目にストアされるのでしょうか。

環境設定のフォルダで規定の場所に保存されますし、変更も可能です。

> 正規の場所には四千点ほどファイルされています

フォルダ分けをされた方が管理が楽になります。
例
C:\NTCAD\DRAW\取引先A\
C:\NTCAD\DRAW\取引先B\
C:\NTCAD\DRAW\取引先C\

また鍋ＣＡＤの場合は、関連部品等をページ分けすれば、1ファイルで数
十〜数百枚の図面が収納できます。
皆さん相当のページをお使いになられています。