いらっしゃいませ。

> 区切れている部分も含め、削除されてしまう線があります。
> そうなる条件が分からないため、
> ファイルごと添付しますので、何故なるのか？
> 理由が知りたいです。

調べた結果放射状の直線の中心部に交点が集中している為に、交点計算で失敗していました。
操作が悪いわけでは無く、いわゆるバグです。
送って頂いたサンプルを元に修正は完了したのですが、フリー版の公開は少々時間がかかると思います。
ご報告頂き、ありがとうございました。