> 鍋ビュワ Version 3.16b2 を体験版として使用してみました。
>
> Zシフトを実行するとシーケンス番号後のコメント(T番号 工具名 H番号)が削除されました。
> 何か設定があるのでしょうか。

鍋ビュワ 3.16b3にて修正しましたので、お試し下さい。

> それと現在の鍋CADは材料厚みをコメントとして出力しています。
> これを利用してZ値の変換を自動で行えないでしょうか。

検討してみましたが、ちょっと難しいようです。