> 図面が書き終わって寸法線も含めて印刷した後にノギスで測定すると、138mmの長さの筐体の図面が1mm以上縮んで印刷されていました。
> 印刷設定はインストールしたときから変更してません。
> あまりに精度が悪いのですが、何が原因でしょうか？

ハードウエアが絡む場合は検証できないので、回答も難しくなります。
正直申しますと、紙への印刷では精度が出ないのが当たり前なんです。
湿気だけで1mm位の誤差は簡単に出てしまいますので、そんな物だとお考え下さい。