お世話になっております。

> テーブル面をZ0として、材料厚み分プラスした所から
> 加工するようにしたいのですが可能でしょうか。

この対応は難しいです。
テーブル損傷防止のリミットの計算等にも影響しますので、全面書き換えを必要とします。

やるとすれば、落としたGコードをスクリプトにてZ値の補正を行う方が簡単です。