CAD/CAMでどんな対応をすれば良いのでしょうか？
ガイド穴位なら今でも出来ますが、知識が無いために意味が解りません。
http://www.t-yamakatsu.co.jp/_userdata/special/tg/tg_gnd_mc.pdf

具体的な動作を教えて頂ければ、NCカスタムマクロで対応可能です。