> M01を行の末尾に追加するのではなく
> 次の行に追加するスクリプトを作りたいのですが、最後の2行がうまくいきません。

Program AddM01B;
var
i : integer;
s : string;
add : boolean;

Begin // エディタにNCデータを準備しておいて下さい。
i := 1;
while i<EditorLength() do
Begin
add := false;
s := EditorRead(i);
if Pos('G43', s) > 0 then add := true; // G43がターゲット
if add then
Begin
inc(i);
EditorInsert(i, 'M01');
End;
inc(i);
End;
End.

これでいかがでしょうか？（インデントがおかしいので、AddM01B.zipを添付しておきます）
※通常Forループのカウンタ変数には代入出来ません。