> 1280x1024と1920x1200のデュアルディスプレーで
> 鍋CADを使用していると、1920x1200側に表示させて
> いるときも、スクリーンサイズを1280x1024と思っている
> ようで、表示が乱れます。　
> どうしたら、良いでしょうか。

同じ環境が無いので再現できずにいますが、画面を入れ替えたらどうでしょうか？
デュアルディスプレーでお使いの方教えて下さい。