> 以前に作成したファイルを修正して、寸法を追加記入したところ「寸法の文字サイズ」が違って、文字サイズが揃いません。dxfに変換したことが原因でしょうか？

はい。ＤＸＦにした事により寸法線が直線と注記に分解されます。

> 寸法の文字サイズを修正しょうとすると（１から２に）全体の文字サイズが変わってしまいます。不ぞろいのところの「寸法の文字サイズ」を変える方法を教えてください。

注記の「文字サイズ全変更」コマンドにて、揃える事が出来ます。
また、そのときのサイズは、青丸内の「文字サイズ」設定に依存します。