> 他のコマンドは問題ないのですが、
> 単要素の「トラップ変更」を選択すると
> 要素が消えてしまいます。
> (レイヤーの裏に隠れる感じです)
>
> 何とかならないでしょうか?

仕様上何ともならないようです。
マウスが画像の上に来ると再描画するので、表示上消えた様になるんです。
いったん画像のレイヤを非表示にしてから操作して下さい。

また、ページを分ければトラップに反応しないので、お試し下さい。