いつも便利に使わせていただいています。

質問ですが、重複要素削除を実行すると
レイヤが違っても削除対象となってしまいます。
裏表示で表示されていなければ大丈夫かと思ったのですが、
表示していなくても削除されています。

ページ間では削除対象にならないようなのですが、
レイヤでも同じようにできないでしょうか。
または裏レイヤで表示されていれば削除対象、
表示されていなければ削除対象としないように
することはできませんでしょうか。