お世話になります。

> ＣＡＭのＭＩＬＬで工程削除したあと、
> すぐに同じ加工をしてミル終了するとＮＣデータ中の
> 工具表示がなくなります。
> ＮＣデータも一部ないようです。

やってみましたが再現できませんでした。
具体的には何の加工だったのでしょうか？