こんにちは。

> 最初から0.001で使えば良いと思われるかもしれませんが、その場合ほとんどずれて表示される為、設計の図面が本当にずれている時に見つけ難くなるので、穴加工は0.01のままがいいです。

これは、丸め具合が各ユーザーさんで違うはずなので、本体での対応はは難しいですが、スクリプトで対応が出来ると思います。
具体的には、そのページの全要素を走査して、要素ごとに数値を丸めて他のレイヤかページに書き直すのはいかがでしょうか？
走査の仕方は、「色分け」を見本に出来ると思います。