こんにちは、TPROと申します。
> レイヤで断面図を描くという意味がわかりません。
> また、レイヤ分けして描くということがどの様にするのかが
> 分かりません。

BKさんはCADは初めてですか?
「レイヤ分けして描く」は、どんなCADを操作するにしても基本です。
これが分からないということは例えるなら
「OSのWindowsの操作方法が分からない」のと一緒になり
「スタートボタンって何?」、「エクスプローラーって何?」「フォルダーって何?」と同じレベルでお教えするのが大変になります。

先ずは投影変換はおいて置いて、せめてレイヤーの概念を覚えるのが先決かもしれません。