> ＤＸＦで図面を読み込みＣＡＤでレイヤーを新しく作り、
> そこにエンドミルが走るラインを
> 作図したあとにＭＩＬＬでそのライン上を加工しているのですが、
> ＭＩＬＬ加工の時はどのレイヤーの線でもヒットしてしまいますが
> これはこういう仕様なんでしょうか？

これは仕様です。

> ＣＡＭ使用中にレイヤーを切り替えてもそのまま継続して
> アプローチ点を設定したいのですが、
> 最初に戻ってしまうのはこれはこういう仕様でしょうか？

今まで指摘がなかったので気付きませんでしたが、明日検証してみます。
戻らない方が良いですよね。