こんにちは、ＴＰＲＯと申します。

> ＤＸＦで図面を読み込みＣＡＤでレイヤーを新しく作り、
> そこにエンドミルが走るラインを
> 作図したあとにＭＩＬＬでそのライン上を加工しているのですが、
> ＭＩＬＬ加工の時はどのレイヤーの線でもヒットしてしまいますが
> これはこういう仕様なんでしょうか？
これは普通だと思いますよ。
基本的にレイヤー分けは、複雑怪奇な程の細かな図面でも
分り易くする目的でもあるでしょうから、
逆に他のレイヤーがヒットしないなどとなったら
それが逆にクレームになると思います。

> もしこういう仕様ならば、カッターが走る線のレイヤーだけ
> 表示すれば問題はないのですが、ただＣＡＭ使用中、
> アプローチ点を設定する時に全レイヤーが見えていたほうのが
> ワークとの干渉チェックができるので全レイヤー表示するのですが
> そうするとまた工具番号から入力しなおさなくてはいけません。
> ＣＡＭ使用中にレイヤーを切り替えてもそのまま継続して
> アプローチ点を設定したいのですが、
> 最初に戻ってしまうのはこれはこういう仕様でしょうか？

一つ気になるのが、裏レイヤーは線の色が明らかに違い
それをヒットするという間違った行為はないはずです。
鍋cad起動時、裏レイヤのカラー表示がONにでもなっているのでしようか?
デフォルトではOFFのはずです。
もしかしたら、背景色のせいで目視による色分けがし辛いのでしょうか?