こんにちは。

> これはドリル加工・輪郭加工と連続するのでしょうがないかもしれませんが、
>
> せめて、間に違う工具が入った時はT番号重複は出ないよう出来ないのでしょうか？

ちょっと現象が理解できませんので、サンプルコード送って下さい。
検証してみます。