> 先ず、(いろいろ省略していきなり本題書きます)マウスミルで第一要素をクリックし2個目要素をクリックし、ENDとします。
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> その際、第一要素を拡大してクリック、その後第二要素を全体図でクリックはよいのですが、第一要素を拡大してクリック、第二要素も拡大してクリックだと第一要素は無かったことになってしまいます。

今やってみたのですが、いまいち現象が再現できませんでした。
ENDは押しているので、いったん確定した軌跡が表示されないと言うことでしょうか？