こんにちは。

> シンボルの分解についてですが現在は分解した場合(旧シンボルからシンボル一括変換した場合、AUTO色の緑色)
> 元の緑色のままになりますが分解した時にAUTO色(黒系、規定色で違う為)に自動で変換する事は出来ないでしょうか？。
> 　現在はシンボルなのか、分解されたものなのか見た目では判断できない状態にあります。

これはカラー化に伴う副作用ですが、元々が同じものなので見た目が同じは仕方がない事なのです。
回避策として、AUTO色ボタンが押されている場合は元の色で分解、他の色ボタンが押されている場合はその色で単色分解するとかは可能です。

> 　また、シンボル配置を選択し「配置シンボル名を入力してください」の状態の時に
> 入力ボックスに数字は入力できますが、アルファベットはシュートカットをONにしている時は
> ショートカットが優先され入力する際入力ボックスをクリックする必要がありますが仕様でしょうか？。

はい、仕様です。
キーボードを押された時ショートカットなのか文字入力なのかプログラムから判断する事は不可能なんです。
回避策としてショートカット機能を使わないか、スペースキーで入力欄にフォーカスを移す事も可能です。