おせ話になります。

> 鍋CAM MILLの他工程非表示ボタンを押した後、拡大縮小すると全行程が表示されてしまうのはうちだけでしょうか？また、全行程非表示ボタンもあったら非常に便利な時があります。
> なんとかならないでしょうか？

これは仕様でして、今のところ変える予定はありません。
視認性向上のための機能であり、より複雑化するのも考え物です。
なにか良いアイデアがありましたら、リクエストにご投稿下さい。